Продаем комнату в общежитии . 2 собственника ( 2 доли)

Не в общежитии. это мкд с коммунал. квртирами, и у вас в собственности жилое помещение-комната в комм. квртире.
ч. 6 ст. 42 жк рф:
при продаже комнаты в коммунальной квартире остальные собственники комнат в данной коммунальной квартире имеют преимущественное право покупки отчуждаемой комнаты в порядке и на условиях, которые установлены гражданским кодексом российской федерации.
--------------
а порядок по гк рф - это ст. 250 гк рф о преимущественно праве на выкуп вшей комнаты соседями (собственниками) по комм. квартире и надлежащем уведомлении лиц, имеющ. этого преимуществ. право о продаже комнаты.
http://www.consultant.ru/document/cons_doc_law_5142/b1e54121d0fbe0a69b5e406b28bc8c0f9befc717/
------------
поэтому обращ. к нотариусу, чтобы он от вашего имени надлежщим образом уведомил лиц, имеющ. преимуществ. право на выкуп.
и если никто из уведомленных не купит или не ответит в течение месяца, то сможете свою комнату продать посторонним лицам, т. е не соседям- собственникам комнат в этой же коммуналке, раз они свое преимуществ. право на выкуп реализовать не захотели.
---------------------
1. что это в тексте вашего вопроса такое, и о чем, непонятно: " все стороны не против."
какие "стороны"?
2. "нужно ли нотариальное соглашение на продажу комнаты для одного из сторон?", - это чушь. не нужно "нотар. соглашение на продажу комнаты для одного из сторон".
нужно соблюдение ч. 6 ст. 42 жк рф и ст. 250 гк рф, нужно заключить договор купли-продажи в нотар. форме. по договору м. б. множественность лиц со стороны продавца- двое, раз у вас по 1/2 доле два сособственника продаваемого жилого помещения-комнаты.
продавец-это одна сторона договора купли-продажи, покупатель- др. сторона договора купли-продажи. т. е в договоре две стороны.
продавец у вас - два лица- сособственника,
и покупатель м. б. одно лицо, а может тоже два или более лиц, если в долевую собственность покупают.

3. "или же можно в договоре купли продажи указать двух собственников? " можно, см. п. 2