Можно ли сделать перепланировку квартиры, если дом еще не сдан в эксплуатацию (внутри)

Правильно пугает - при постановке дома на технический учет БТИ выявит отступления от проектно-строительной документации... Чтобы этого избежать необходимо вносить в строительную, а возможно, и в проектную документацию, изменения, соответствующие Вашей перепланировке. Но застройщику связываться с этим, видимо, нет желания, а может и возможности по срокам. Обычно такие "перепланировки" согласовываются со строителями и проектантами раньше, за несколько месяцев до завершения строительства.