Как правильно оформить договор аренды, где собственник юр.лицо, а наниматель будет оплачивать только коммунальные услуги

Вам нужно заключать не договор аренды, а договор безвозмездного пользования нежилым (или жилым) помещением (глава 36 ГК РФ). Именно безвозмездность с необходимостью отличает договор безвозмездного пользования от договора аренды, делает их антиподами. А с договором аренды у Вас будет хлопот – полон рот.