Если дом на две семьи оформлен как многоквартирный, а земля под ижс, то как лучше поступить?

Ну меняйте на земли сельхозназначения, раз у вас такой творческий зуд)) ) )
я не пойму, в чем вообще проблема? вы продаете свою часть дома как отдельное землевладение с земельным участком. что еще нужно? у вас участок с соседом вторым не разграничен документально? ну так сделайте межевание, и вопрос решен. зачем городить проблемы на пустом месте? чего вы в итоге хотите? продать строительной организации, чтобы она там девятину выстроила? ну пусть компания сама потом и возится с переоформлением, если получится...