Может ли организация продать дом (право собственности зарегистрировано, наличие свидетельства), а земля принадлежит физ

Да, может, конечно. Например, под снос. А владелец земли будет иметь право первенства при покупке этого дома. Если же дом не предназначен под снос, владелец земли вправе потребовать от владельца дома (организации) ещё до смены владельца перезаключения договора аренды земельного участка. Так что владельцу земли не мешало бы поторопиться и проконсультироваться с хорошим адвокатом, чтобы не упустить свою выгоду. Для начала я бы посоветовала взять справку в органе регистрации земли о кадастровой стоимости этого участка, выяснить хотя бы приблизительно рыночную стоимость, и от этого начинать торговаться с владельцем дома. Полагаю, что дом без земли большой ценности из себя не представляет.