Подскажите по договору купли-продажи недвижимости

Добавлю.
значит собственник владеет квартирой менее 3-х лет.
можете так поступить, как просит. но необходима дополнительно его расписка о получении оставшихся денег как неотделимые улучшения квартиры.
если не дает такой расписки, отказывайтесь от сделки (при расторжении договора вы получите только 1млн. руб.) . если заключаете договор через риэлторское агентство - они знают как это делать.
и вы получите налоговый вычет при покупке квартиры только с 1 млн. руб (это не так существенно)

Здравствуйте. Риск вполне очевиден. Вы отдаете сумму большую, нежели будет указана в договоре купли продажи. В случае расторжения договора, можете потерять часть денег.
Посмотрите документы на квартиру, дату начала собственности.
Если срок владения более трех лет, тогда продавец может указать полную стоимость. Исходя из Вашего вопроса следует, что это новостройка, тогда продавец может указать в договоре инвестиционную стоимость. То есть ту сумму за которую он ее купил.