Нужно ли вносить изменения в готовую проектную документацию в архитектурном отделе города?

То что вы говорите - невероятная ерунда.

судя по словам "жкх" речь идет не о индивидуальном доме, а о многоквартирном.

так вот - не пройти экспертизу без наружных сетей, и не получить разрешение на ввод без наружных сетей (и их техпланов, справок о выполнении ту) если они есть в проекте, разумеется в той части, которая касается застройщика в договоре на техприсоединение.

если по договору техприсоединения сетевая организация ведет не до границ участка, а до ввода в дом, тогда вопрос не к застройщику, а к местному водоканалу.

но всё равно не введут в эксплуатацию.

если предположить, что речь идет о моменте, когда разрешение на ввод не получено (и не получено, в том числе из-за водоснабжения и водоотведения), то тогда можно внести изменения в проектную документацию.

для этого застройщик выпускает приказ (распоряжение и т. п.) о внесении изменений в проектную документацию. на основании этого приказа им утверждается задание на внесение в проектную документацию. как правило, работы выполняет организация которая изготавливала проектную документацию. если изменения затрагивают характеристики надежности и безопасности объекта, перед утверждением измененной документации, она проходит повторную экспертизу (в части изменений).

по скважине - тут есть технические аспекты - а есть ли вода в нужном количестве под землей, а есть ли место для скважины с учетом санитарно-эпидемиологических требований. короче не факт, что это возможно.

по "сливной яме" - если это мкжд, то канализация будет либо в централизованную городскую сеть (присоединение к водоканалу) - что вас не устраивает, либо централизованную сеть дождевой канализации (если таковая есть) но с очисткой на очистных сооружениях, или со сбросом в какой-то водоем, опять же с очистными сооружениями. то есть ничего хорошего это вам не сулит в плане $.