Каким образом приобрести 2 квартиры которые объедены в одну, за материнский капитал+региональный капитал.

Так и приобретать- как 2, раз по докам это отдел. жилые помещения. можно в одну квартиру впихнуть оба маткапитала, и именно ее в долевую собственность всех членов семьи- супругов детей оформить потом соглашением (или сразу купить по договору). а вторую квартиру купить на взрослых. будет проще при таком раскладе потом продавать, и покупать несоверш. собственникам равноценные доли в ином, если надумаете продать обе квартиры и купить трешку или жилой дом с зем. участком например.