Недвижимость, внесенная в кач-ве уставного капитала на учет в налоговой поставлена, но рег.палате не зарегистрирована.

В данной ситуации вероятнее всего имеет место ошибка ифнс при регистрации организации, ибо в ук вносится недвижимость, имеющую собственника-участника. если нет регистрации собственности в регпалате, то значит данный участник не является собственником имущества и не имеет право им распоряжаться. "вернуть" назад можно таким же образом, что и увеличить, только в заявление необходимо указать на уменьшение ук.