Что сначала списывается со счета?

В гк установлена очередность списания денежных средств со счета (ст. 855 гк РФ), но это касается очередности применительно к долгам перед бюджетами, внебюджетными фондами, работниками и т.д. в вашем случае очередность будет определяться договором. а если есть судебное решение - то в сумму долга войдут и основная сумма, и пеня - очередность списания их банком - 5 очередь, но это не касается структуры самого долга, как я уже пояснила.