При выделе доли земли и дома должна ли выделенная часть дома стоять строго на выделенной доли земли для того же владельца

Ну конечно, а как вы представляете себе иначе. доля в земельном участке по хорошему, должна соответствовать доле в строении, если соглашением сторон не установлено иное, данное обстоятельство способствует тому, что дом должен вместиться в земельный участок (долю), которая переходит стороне, иначе его строение будет стоять на чужом участке, что конечно недопустимо.