Можно ли разменять муниципальное жилье?

Не запрещено, но не реально - просто нет вариантов для обмена неприватизированных квартир.
вы пишите, что у вас долги из-за двух непроживающих - и сразу все понятно - не будет у вас нормального решения - вместо того, чтобы поклониться в пояс непроживающим, вы не можете оплатить жилплощадь, которой пользуетесь вы - было б веселей, если они проживали с вами и платили свои 3 копейки.
счетчики воды установили, как требует закон? - тогда лишка вы платите по 50 рублей с этих двоих.
приватизировать можно на всех, продавать всю квартиру - только так выгодно всем,
делить деньги, пропорционально долям - и каждый решает свою проблему сам. разумно узнать цену вашей квартиры и посмотреть, что можно получить, но если вы за 3 копейки готовы удавиться - ваши шансы достигнуть компромисса =0.