Хочу погасить материнским капиталом квартиру взятую по ипотеке.

Вам нужно будет выделить доли в квартире детям, в дальнейшем при продаже вам необходимо будет либо купить в собственность детей не меньше приходящейся в квартире доли в кв. метрах (например квартира у вас 60 кв м, доля 1/4 у ребенка, значит в квартире приходится 15 кв м на ребенка, придется на его имя после продажи придется приобретать не менее 15 кв м, т. е. не ухудшить его положение) либо часть денег от продажи квартиры в расчете от доли принадл ребенку перевести на счет (по договору купли-продажи) только при в таких сит органы опеки дадут разрешение на продажу квартиры если будут доли квартиры у детей.

прописка роли при продаже не имеет, если нет права собственности на общую долевую собственность у ребенка.