Продать квартиру в собственности менее 3-х лет и построить дом

Да не слушайте вы эти бредни.
после продажи квартиры заявите налоговый вычет в размере 1 000 000, то есть с 500 000 должны будете уплатить 13%.

подпункт 3 статья 220 нк рф: имущественные налоговые вычеты
1. при определении размера налоговой базы в соответствии с пунктом 3 статьи 210 настоящего кодекса налогоплательщик имеет право на получение следующих имущественных налоговых вычетов, предоставляемых с учетом особенностей и в порядке, которые предусмотрены настоящей статьей:
имущественный налоговый вычет в размере фактически произведенных налогоплательщиком расходов на новое строительство либо приобретение на территории российской федерации жилых домов, квартир, комнат или доли (долей) в них, приобретение земельных участков или доли (долей) в них, предоставленных для индивидуального жилищного строительства, и земельных участков или доли (долей) в них, на которых расположены приобретаемые жилые дома или доля (доли) в них.

таким образом, при строительстве дома, вы имеете право заявить налоговый вычет в размере 13 % от расходов (документально подтвержденных естественно) .

если продаж и строительство будут происходить в одном налоговом периоде, то пр подаче декларации вы отразите эти обстоятельства, подати заявление на налоговый вычет. то есть государство должно будет вернуть вам 13%

таким образом, фактически уплачивать вам будет нечего. однако, как обстоит дело с зачетом вычета в счет уплаты налога не подскажу. возможно придется оплатить налог, а потом получить вычет. все же рекомендую обратится в налоговую с заявлением в свободной форме и указать, что просите зачесть налоговый вычет в счет налоговых платежей.